V prvom rade je potrebné rozlíšiť neoprávnenú stavbu, ktorou sa rozumie stavba postavená na cudzom pozemku bez toho, aby mal stavebník právo k pozemku oprávňujúce ho tam stavbu zriadiť. Čiernou stavbou sa rozumie stavba postavená bez stavebného povolenia prípadne v rozpore s vydaným stavebným povolením (teda môže byť tak vlastná stavba vlastníka pozemku ako aj cudzia stavba). Nakoľko u nás platí zásada, že stavba nie je súčasťou pozemku, môžu byť ich vlastníkmi rôzne osoby.
Problematika neoprávnenej stavby je upravená v občianskom zákonníku. V prípade, ak dôjde k postaveniu neoprávnenej stavby, t.j. k postaveniu stavby na cudzom pozemku, hoci na to stavebník nemá právo, môže sa vlastník pozemku domáhať na súde odstránenia stavby na náklady toho, kto stavbu zriadil. (Pre podanie žaloby nie je podstatné, či stavba bola zriadená v súlade so stavebným povolením alebo nie, ale neexistencia oprávnenia vlastníka stavby postaviť takúto stavbu na cudzom pozemku.) V prípade úspechu vlastníka pozemku následne súd zaviaže vlastníka stavby na odstránenie takejto neoprávnenej stavby na vlastné náklady. V prípade ak by vlastník stavby dobrovoľne nesplnil to, čo mu bolo uložené právoplatným rozsudkom súdu, môže sa vlastník pozemku domáhať vykonania exekúcie. Občiansky zákonník upravuje aj iné spôsoby, ako môže súd takú situáciu riešiť. Pokiaľ by odstránenie stavby nebolo účelné (napr. z dôvodu príliš vysokých nákladov na odstránenie) môže súd prikázať stavbu do vlastníctva vlastníkovi pozemku za náhradu, ktorú je vlastník pozemku povinný uhradiť tomu, kto stavbu zriadil. Takýto postup je však možný len za predpokladu, že s tým vlastník pozemku súhlasí. Súd môže rozhodnúť aj o tom, že vlastníkom stavby je aj naďalej stavebník, ak je to spravodlivé (napr. vzhľadom na dobromyseľnosť stavebníka). V takom prípade usporiada pomery medzi vlastníkom pozemku a vlastníkom stavby zriadením vecného bremena za náhradu, ktoré je nevyhnutné na výkon vlastníckeho práva k stavbe.
O odstránení čiernej stavby, t.j. stavby postavenej bez stavebného povolenia alebo v rozpore s ním alebo bez písomného oznámenia stavebného úradu pri stavbách, ktoré treba ohlásiť rozhoduje aj stavebný úrad, a to z vlastného podnetu. Odstránenie stavby sa nenariadi iba v prípadoch, keď bude vydané dodatočné povolenie stavby, ak jeho vydanie nie je v rozpore s verejným záujmom. Splnenie povinnosti odstrániť stavbu je možné takisto vymáhať v exekučnom konaní. Podľa §41 ods. 2 písm. i) Exekučného poriadku sú exekučným titulom aj iné vykonateľné rozhodnutia, ktorých výkon pripúšťa zákon (§72 ods. 2 správneho poriadku).

Je rozdiel medzi neoprávnenou stavbou, ktorou sa rozumie stavba postavená na cudzom pozemku bez toho, aby mal stavebník právo k pozemku oprávňujúce ho tam stavbu zriadiť. Čiernou stavbou sa rozumie stavba postavená bez stavebného povolenia, prípadne v rozpore s vydaným stavebným povolením (tzn. môže ňou byť tak vlastná stavba vlastníka pozemku ako aj cudzia stavba).
Vo Vašom prípade ide o neoprávnenú stavbu, v zmysle úpravy podľa Občianskeho zákonníka. V prípade, ak dôjde k postaveniu neoprávnenej stavby, t.j. k postaveniu stavby na cudzom pozemku, hoci na to stavebník nemá právo, môže sa vlastník pozemku domáhať žalobou na súde odstránenia stavby na náklady toho, kto stavbu zriadil.
Pre podanie žaloby nie je podstatné, či stavba bola zriadená v súlade so stavebným povolením alebo nie, ale neexistencia oprávnenia vlastníka stavby postaviť takúto stavbu na cudzom pozemku. Pokiaľ by odstránenie stavby nebolo účelné (vo Vašom prípade by pre takéto rozhodnutie bola rozhodujúca skutočnosť, že ide len o časť stavby, ktorá je postavená na cudzom pozemku), súd žalobu o odstránenie stavby zamietne a vlastník pozemku sa môže domáhať prikázania stavby do vlastníctva vlastníka pozemku alebo zriadenia vecného bremena za odplatu.
Prikázania stavby vlastníkovi pozemku alebo zriadenia vecného bremena sa vlastník pozemku môže domáhať aj priamo, nemusí tomu predchádzať žaloba o odstránenie stavby. Súd ponechá vlastníctvo stavby stavebníkovi, t.j. vlastníkovi stavby ak je to spravodlivé a v súlade s dobrými mravmi (napr. ak bol pri zriaďovaní stavby dobromyseľný a vlastník pozemku stavebné práce strpel, hoci o nich vedel). Ak súd prizná vlastnícke právo k stavbe vlastníkovi stavby, zriadi v jeho prospech za náhradu aj vecné bremeno na nevyhnutný výkon vlastníckeho práva k stavbe (napr. právo prechodu cez pozemok a pod.).
Nakoľko vo Vašom prípade ako uvádzate ide o časť stavby, ktorá je postavená na cudzom pozemku, je možné, že súd posúdi odstránenie tejto časti stavby ako neúčelné a tiež nebude možné prikázať stavbu do vlastníctva vlastníka pozemku. V takom prípade súd nebude mať inú možnosť ako upraviť vzťahy účastníkov konania zriadením vecného bremena v prospech vlastníka stavby.
Osobitnou možnosťou vlastníka pozemku je rozdelenie pôvodnej parcely na dve novovzniknuté parcely, a to časť, ktorá je zastavaná neoprávnenou stavbou a časť, ktorá zastavaná nie je a uzatvoriť kúpnu zmluvu s vlastníkom stavby na parcelu, ktorá je zastavaná neoprávnenou stavbou. Táto možnosť však závisí len od dohody účastníkov právneho vzťahu, domáhať sa žalobou uzatvoriť kúpnu zmluvu nie je možné.